为帮忙大家更快了解最新科研进展，掌握科研热点，扩展科研思路，伯豪生物特此推出最新高分文献速递系列推文。本期是2025年4月最新发表的空间转录组相关高分文献集萃！
高分文献一 01
标题：nature -转移性胰腺癌转录组的空间定位
文章标题：Spatial mapping of transcriptomic plasticity in metastatic pancreatic cancer
期刊：nature
影响因子：50.5
文章摘要：治疗难治性胰腺癌患者常因全身转移而死亡；然而，导致治疗抵抗的转录组异质性研究不足，尤其是在空间背景下。在此，我们利用13名患者的快速尸检中收集的55个原发肿瘤和转移灶（肝脏、肺和腹膜）的空间解析转录组数据，构建了谱系状态、克隆结构和肿瘤微环境（TME）的高分辨率图谱。我们观察到，在肿瘤从原发部位向器官特异性转移灶转变过程中，癌细胞谱系状态出现了可辨别的转录组变化，其中肝和肺之间的患者内差异最为显著。通过推断每个患者原发和转移位点的拷贝数变异构建的系统发育树，突显了患者特异性的进化轨迹和克隆传播。我们发现，在每个组织中，多种肿瘤谱系状态共存，包括同一器官内的并发转移灶。无论组织部位如何，谱系状态与不同的TME特征相关，例如TGFB1表达的肌成纤维细胞癌相关成纤维细胞（myCAFs）与侵袭性的“基底样”癌细胞的空间接近性，但与“经典”或“中间”状态的细胞无关。这些发现通过使用小鼠组织和患者来源的类器官进行的正交和跨物种分析得到了验证。值得注意的是，“基底样”癌细胞与myCAFs的排列与肿瘤环境中血浆细胞的排除有关，邻近细胞分析表明CXCR4-CXCL12信号传导是观察到的免疫排斥的基础。综上所述，我们的发现强调了治疗难治性胰腺癌中显著的转录组异质性和微环境动态。
高分文献二 02
标题：Cell-空间转录组绘制猕猴单细胞空间转录组图谱和全脑连接图谱
文章标题：Single-cell spatial transcriptome atlas and whole-brain connectivity of the macaque
claustrum期刊：Cell
影响因子：45.6
文章摘要：扣带回通过与众多脑区的连接来协调大脑功能，但其分子和细胞组织仍不清楚。对227,750个猕猴扣带回细胞进行单核RNA测序，鉴定出48种转录组定义的细胞类型，其中大多数谷氨酸能神经元与深层岛叶神经元相似。比较猕猴、狨猴和小鼠的转录组揭示了猕猴特有的细胞类型。在67个皮层和7个皮下区域注射逆行示踪剂，定义了四个不同的逆行标记扣带回神经元分布区。全脑连接性和单细胞空间转录组的联合分析显示，这四个区域含有不同的谷氨酸能（而非GABA能）细胞类型，这些细胞类型更倾向于与特定的大脑区域建立连接，并且具有强烈的同侧偏向。几种猕猴特有的谷氨酸能细胞类型在腹侧与背侧幽门区中选择性地共投射到两个功能相关的区域——内嗅皮层和海马体与运动皮层和壳核，分别对应。这些数据为阐明不同幽门功能背后的神经组织提供了基础。
高分文献三 03
标题：nature genetics -小鼠肾脏多组学及空间分析解析整个生命周期中基因调控的性别特异性差异
文章标题：Multi-omic and spatial analysis of mouse kidneys highlights sex-specific differences in gene regulation across the lifespan
期刊：nature genetics
影响因子：31.8
文章摘要：许多肾脏疾病的发生和发展存在性别差异。为了更好地理解这种性别二态性，我们整合了来自六个平台的数据，表征了68只小鼠在六个发育和成年时间点的76个肾脏样本，创建了一个涵盖两性生命周期的小鼠肾脏分子图谱。结果显示，近端小管在3周龄后表现出最显著的性别偏向差异表达基因，并与激素调节有关。我们揭示了涉及雄激素和雌激素直接及间接调节的潜在机制。空间谱型识别出皮层和外髓质外带中不同的性别偏向空间模式。此外，老年小鼠在亨勒袢、近端小管和集合管中表现出更多与衰老相关的基因改变，且这种变化具有性别依赖性。我们的研究结果加深了对肾脏性别差异在生命周期中空间分辨基因表达和激素调控的理解。
高分文献四 04
标题：Nature Communications -华大空间转录组学确定了与蜜蜂行为成熟相关的基因调控网络脑图谱
文章标题：Single-nucleus and spatial transcriptomics identify brain landscape of gene regulatory networks associated with behavioral maturation in honeybees
期刊：Nature Communications
影响因子：14.7
文章摘要：动物行为与大脑中协调基因表达的基因调控网络（GRN）密切相关。真社会性蜜蜂因其天生的行为可塑性，成为探索大脑活动与行为之间联系的理想模型。通过单核RNA测序和空间转录组学分析，我们研究了从抚育到觅食的行为成熟过程中与大脑细胞相关的表达模式。整合空间和细胞数据揭示了GRN组织中的细胞类型和空间异质性。有趣的是，在觅食者的小Keyon细胞中，条纹调控子被明确激活，这些细胞与空间学习和导航有关。当人工蜂群中控制工蜂年龄时，条纹及其关键靶点在执行觅食任务的蜜蜂脑区KC区域仍高度表达。这些发现表明，在行为转换期间，特定的基因调控网络协调单个脑细胞的活动，揭示了由基因调控网络驱动的大脑异质性及其在社会生活劳动分工中的作用。
